同在一个屋檐下的印尼人族裔意识相对不强，政府需要的恰是这一点。在该国人口统计中，没有族别属性一项，强化国家认同是唯一的注解。一般而言，印尼人分为两类，土著血统和来自国外。前者以爪哇人最多，占全国人口的46%，是唯一遍布全印尼、居统治地位的民族。爪哇人、巽他人（占人口的14%）和巴厘人组成爪哇族裔集团，占全国人口61%，也是继阿拉伯人和孟加拉人之后的第三大穆斯林群体。另一类非本土族群人数很少，最多的是华人，另有来自亚洲其他国家的数十万打工者。

印尼华人数量有多种说法，官方2010年统计称有280万，台湾海外侨委会2013年称812万，当地华人中有1500万甚至3000万之说。说来并不矛盾，一些生于印尼并混有印尼人血统的被称作佩兰纳坎人，已被统计为当地人。而生于中国、较晚进入印尼的被称作托托克人，他们一半来自闽南，35%来自广东。华人在当地艰辛创业，多从事贸易和零售业，积累起相当的财富，招致原住民“2%的人控制80%经济”的指摘。苏哈托的32年间，几次反华动乱（最后一次是1998年）相当程度地洗劫了华人，更有禁止汉语出版物、禁用汉语和教学等多项禁令，许多华人颠沛流离含恨离境，而今其境内90%以上的华人已加入印尼籍。

2000年，瓦希德撤销上述禁令。2006年的新国籍法结束了长达半个多世纪对外裔公民的歧视，明确界定“本土印尼民族”——不曾自愿接受其他国籍、在印尼的出生者即为印尼公民。

族群多样化且居住分散，增加了维护民族国家文化和认同感的难度，印尼政府用一系列政策加强国家统一性。首先是以“异中求同”（或译为“复杂中的一致”）为根本；其次是国籍政策，包括把华人尽快变成印尼公民（否则离开）；再次是语言，要求学校用印尼语授课，成人在政治、社会活动使用这一官方语言，母语被关进家庭或小圈子；第四是以劳动力成本优势大量引进外资，发展经济；第五是移民政策，用几十年时间鼓励600多万爪哇人移居爪哇岛以外的各个岛屿。